publications
publications by categories in reversed chronological order. generated by jekyll-scholar.
2026
-
Małe zbiory CT urazów: wpływ splitu danych na detekcję 2D i segmentację 3D oraz sanity-checki pipeline’uKonrad Gorzelanczyk, Szymon Krawczyk, and Stanisław Krzywiak2026Tło. Modele detekcji i segmentacji urazów w tomografii komputerowej (CT) są szczególnie podatne na artefakty walidacji przy małej liczbie pacjentów. Korelacja sąsiednich przekrojów w osi Z może powodować przeciek informacji przy podziale per-slice, co sztucznie zawyża metryki. Cel. Porównać detekcję 2D i segmentację 3D przy walidacji na poziomie pacjenta oraz zaproponować minimalny zestaw sanity-checków pozwalający odróżnić błąd pipeline’u od rzeczywistego braku uogólniania. Metody. Dla detekcji 2D porównaliśmy scenariusz z przeciekiem (split per-slice) z poprawnym scenariuszem (split per pacjent), raportując mAP oraz krzywe Precision–Recall w funkcji progu confidence. Dla segmentacji 3D zastosowaliśmy nnU-Net (3d_fullres) w schemacie LOSO (23 foldy) i raportowaliśmy Dice oraz miary błędów FP i FN. Poprawność pipeline’u zweryfikowaliśmy testem single-case overfit, kontrolą deterministyczności inferencji oraz audytem masek i próbkowania foreground. Wyniki. Przy podziale per-slice detekcja osiągała pozornie wysoką skuteczność (F1 ≈ 0.923). Po przejściu na split per pacjent nastąpiło załamanie jakości (Precision ≈ 0.117, Recall ≈ 0.055, F1 ≈ 0.075), co wskazuje na silnie ograniczone uogólnianie między pacjentami. W segmentacji 3D uzyskano medianę Dice = 0.0, a 22/23 przypadki miały Dice < 0.05 (średnia 0.0054). Jednocześnie single-case overfit osiągał Dice ≈ 0.97, co potwierdza poprawność etykiet i pipeline’u oraz sugeruje, że dominującym problemem jest uogólnianie przy małym N i skrajnej nierównowadze foreground. Wnioski. Dla małych zbiorów CT konieczna jest walidacja patient-level oraz raportowanie sanity-checków, które minimalizują ryzyko błędnej interpretacji “dobrych” wyników uzyskanych przez przeciek danych.
2025
-
Practicing Meta-dynamics on the Müller-Brown Potential Energy SurfaceKonrad Gorzelanczyk2025Practicing enhanced‐sampling techniques on the classic two‐dimensional Müller–Brown potential energy surface, we first illustrate the limitations of conventional Langevin dynamics—plain MD remains trapped in a single minimum even when temperature and friction are tuned. Introducing well-tempered metadynamics over the Cartesian coordinates (cv.x, cv.y) rapidly fills energy basins and enables repeated barrier crossings without distorting the underlying landscape. Building on this, we employ path-meta-dynamics: a linear initial path between reactant and product basins is adaptively bent by iteratively depositing Gaussian biases on the progress coordinate σ, while a harmonic “tube” potential confines sampling near the evolving trajectory. In the narrow-tube limit, the algorithm converges onto the minimum free-energy path; in a wider tube, it captures the average reactive flux. Applied to the Müller–Brown surface, this protocol recovers both the optimal transition corridor and the one-dimensional free-energy profile—with only tens of Gaussians—demonstrating sublinear scaling in collective-variable dimensionality. These exercises pave the way for applying adaptive meta-dynamics to complex chemical processes, such as glycine formation in water.
-
Investigation of Water Models in GROMACSKonrad Gorzelanczyk2025As a preparatory step before conducting original research at Poznan University of Science, I undertook this project to deepen my understanding of molecular dynamics simulations using GROMACS and the TIP4P family of water models (including TIP4P/Ice). My objective was to replicate and validate findings from established scientific literature, particularly focusing on water’s phase transitions and thermodynamic properties.